那这个神奇的石窟是何人开凿的呢?它是在什么时候被建造的?有何用途呢?石窟曾是“石背山”上明代占刹竹林禅寺的放生池，放养了许多鱼鳖，为何将水抽干之后不见一条鱼或鳖，难道它们都土遁了不成?……然而，史书、方志以及典籍均对此无任何记载，连民间传说也没有，为何保密工作做得如此之好?
有研究人员考察后认为，这是一个废弃的采石场。
理由是：从凿洞的方式看，是逐层下剥，采用斜凿的方式把岩石和岩体剥离。石窟紧靠衢江，便于运输。从凿痕看，应是铁器所为，因此，时间可推到汉代炼钢技术出现之后。
也有人走进石室，观看了石墙上的壁画，并在查阅县志时，发现明代一幅叫《翠岩春雨》的画，画中描绘了衢江边一个用来做仓库的人工石洞，综合考察和这一发现，他提出了“地下仓库说”。
有人却认为，从石窟的凿痕看，他认为工具应当是青铜器，那么时间可以大致定在春秋时期。在当时的吴越之战中，越国战败，传说越王勾践为了复仇，藏匿深山打造兵器，训练士兵，而在何山秘密训练，这是个历史之谜。“十年生聚，十年教训”，据此推断，石窟本用于藏兵练兵，于是就有了“藏兵说”。
但无论如何，龙游石窟将永远成为人类宝贵的自然和文化遗产。
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